Los antiguos constructores transformaron el cerro para adaptarlo y erigir un asentamiento donde se ubicaron las principales edificaciones cívicas y ceremoniales, así como administrativas y residenciales. De esta manera se aprovechó la topografía y se crearon cinco niveles o grandes terrazas de ocupación; la parte sur del cerro presentó una pendiente suave, ya que las demás laderas eran acantilados. En la parte sur y baja del cerro se encuentra el primer nivel, donde está el Salón de Columnas, la Plaza Principal, la Cancha para el Juego de la Pelota y la Pirámide Votiva. Por sus edificaciones, espacios amplios y fácil acceso, se considera que este sector del asentamiento era público.

Salón de Columnas: Los primeros exploradores denominaban a este edificio como La Catedral, debido a su monumentalidad; actualmente se le conoce como Salón de Columnas por la presencia de estos elementos arquitectónicos, característicos en el sitio. Este importante edificio representa la principal construcción debido a sus espacios arquitectónicos y función. Las dimensiones de este salón lo convierten en el más grande espacio techado, donde once columnas de mampostería se alzan aproximadamente seis metros de altura. Las columnas se distribuyen de manera paralela a los muros, y dejan un espacio abierto al centro, donde existía una fosa. En el acceso había dos columnas que sostenían una viga para conformar el cerramiento, dejando el vano para entrar. Lo anterior generaba que fuera oscuro su interior, donde se reunían algunas personas. Al frente del Salón de Columnas existía un espacio porticado, según denota la huella de algunas columnas sobre el piso, lo cual hacía una separación entre los espacios privados con los públicos.

Plaza Principal: Este espacio se encuentra frente al Salón de Columnas y forma parte de su composición debido a que este sitio constituía la parte privada donde se realizaban los acuerdos entre las principales autoridades del lugar. En cambio, la Plaza Principal era el espacio público donde seguramente se realizaban las ceremonias y se concentraba a las personas para observar las actividades y escuchar los anuncios de las autoridades.

Cancha del Juego de Pelota: La actividad del juego de pelota era importante entre las distintas culturas mesoamericanas, ya que representaba la lucha entre el día y la noche. En la Zona Arqueológica de La Quemada existen tres juegos de pelota; el de mayores dimensiones es el que se encuentra en el primer nivel, entre el Salón de Columnas y La Pirámide Votiva. Esta cancha mide 80 metros de largo por 15 de ancho y presenta forma de I latina. El eje corre de norte a sur, por lo cual sus cabezales guardan esta disposición en los extremos. El cabezal sur cuenta con una escalinata y una pequeña plataforma mediante la cual se podía acceder a la cancha. Los muros están dispuestos oriente-poniente, con una altura actual de un metro; sin embargo, estos muros fueron de mayor dimensión durante la época de su uso. Al inicio de los muros, sobre los cabezales, hay una rampa donde seguramente se hacía rodar la pelota para iniciar el juego. Tenía un piso de laja y, al igual que como los muros, seguramente presentaban un acabado de barro pulido y decorado. En el extremo nororiente se detectaron varios entierros prehispánicos.

Pirámide Votiva: Las dimensiones de este edificio piramidal y su ubicación en el primer plano de la antigua ciudad denotan su jerarquía en el sitio. Seguramente en este espacio tenía su residencia la principal deidad, la cual se veneraba con ofrendas, danzas y sacrificios. Se denomina votiva debido a que se considera un espacio de culto o devoción donde se hacían votos o promesas.

El edificio originalmente estuvo formado de un solo cuerpo, es decir, la que ahora aparece como plataforma, en realidad continuaba sus muros hasta la cima con su escalinata al centro. Sin embargo, por el proceso de destrucción se perdieron estos muros y, al ser intervenida en 1955 por el arqueólogo José Corona Núñez, se decidió levantar sólo esta parte para proporcionar estabilidad al monumento.

Se asciende al cerro a un segundo nivel por dos escalinatas, las cuales muestran un control en su acceso convirtiendo los siguientes espacios como áreas privadas donde residía la élite y tenían algunos espacios ceremoniales. Durante mucho tiempo también se le denominó a este sector del asentamiento como La Acrópolis, debido a encontrarse en la cima del cerro. En este segundo nivel sobresalen El Cuartel, El Conjunto de Los Maestros y una pequeño Basamento Piramidal con su plaza circular.

Escalinata Mayor: La escalinata mayor debe su nombre a sus grandes dimensiones, a su vez, por su ubicación y orientación, se le ha denominado como la Gran Escalinata Solar. En esta idea se considera que se crea esta escalera para que el sol ascienda a la cima del cerro donde se encuentra otro basamento piramidal donde descansa para continuar su viaje, este momento corresponde al zenit. Esta escalinata presenta uno de los accesos principales al segundo nivel junto con la escalinata sur, aunque ambas tienen un control para el ingreso de personas. La escalinata mayor presenta dos etapas visibles en sus escalones; la primera es de manera circular que llegaba a media altura, posteriormente la escalera es ampliada para llegar hasta el segundo nivel. Al final ambas escalinatas parecen haber sido cerradas con muros para evitar el ingreso.

El Cuartel: Su nombre se debe a que se consideraba esta parte del cerro como la Acrópolis, donde la presencia de los grandes acantilados sobre la cual se asienta, aparentaba una fortaleza defensiva, por lo tanto, en este espacio se encontraba un cuartel militar donde los guerreros se reunían. Las exploraciones arqueológicas comenzaron a finales de los años cincuenta por parte de Pedro Armillas, posteriormente, continuaron otras intervenciones que han permitido determinar que este espacio fue un área residencial de la élite gobernante. Existen varias habitaciones dispuestas en torno a patios, comunicados por distintos pasillos. En el lugar existía un segundo piso al cual se accedía a través de escalera de muescas.

Conjunto Pirámide Plaza Circular: En este segundo nivel se encuentra un pequeño basamento piramidal que muestra el aprovechamiento de la roca madre del cerro, la cual fue tallada para integrarla a la plataforma que sostiene este basamento. El basamento es una edificación común en el lugar, sin embargo en este caso con la característica particular de tener una plaza circular frente a él. En esta plaza circular se encontró un osario con varios individuos humanos dispuestos en el lugar de manera ritual.

Conjunto Los Maestros: Este espacio corresponde a una plaza, la cual es delimitada por tres plataformas en cuyo centro se localiza un altar. Sobre la plataforma oriente y sur existen varias habitaciones menores; en cambio en la plataforma poniente existe un gran salón, y hacia la parte norte de la plaza se erigió un basamento piramidal. Este es un patrón repetido en la traza urbana del sitio, sugiriendo espacios de grupos con un sentido común, ya sea de parentesco, antecedente común, gremial o social.

El Nivel 3 se compone de una gran plaza denominada como El Conjunto de los Sacrificios; delimitado por grandes salones, este nivel se extiende por el sector suroeste del cerro.

Plaza de los Sacrificios: Este espacio arquitectónico es único en el sitio debido a su composición y estructuras presentes. Dos grandes salones limitan la plaza hacia el sur y oriente, en cambio al poniente se encuentran una serie de cuartos y al norte un basamento piramidal; al centro se erigió un altar. El basamento piramidal sobresale por su forma escalonada, como fue concebida, la cual se distingue del resto de basamentos piramidales existentes en el sitio, que se conforman de un solo cuerpo. Entre el basamento piramidal y el altar central se localizó una escultura tallada en piedra con forma de mujer portando un bebé en su espalda; ambas figuras carecían de cabeza.

El Nivel 4 está próximo a la cima del cerro. En este espacio se erige un basamento piramidal y varios conjuntos habitacionales que se continúan hasta la parte media del cerro donde se encuentra una plaza delimitada con plataformas.

Basamento Piramidal: Casi en la cima del cerro se encuentra un basamento piramidal al cual se accede por una gran escalinata aún sepultada por los antiguos derrumbes. Este espacio se ha sugerido es donde descansa el sol durante su ascenso al cielo. El edificio observa hacia el sur, donde se visualiza todo el asentamiento en su costado sur.

El Nivel 5 se localiza en la parte norte del cerro y es conocido como La Ciudadela. Este espacio está delimitado por una albarrada y su acceso se encuentra en la parte media del cerro; una calzada comunica el acceso sur con la plaza de la Ciudadela. En el acceso noreste se encuentra otra gran escalinata que conduce a una cancha de juego de pelota y a la gran Muralla que circunda todo este sector.

La Ciudadela: La Ciudadela deriva su nombre de ser un espacio delimitado por una albarrada y posteriormente por una gran muralla. Al ingresar por su acceso sur se observa una calzada que conduce hasta la plaza, la cual está delimitada por tres plataformas y un gran salón en su costado noroeste. Al centro se encuentra un altar de grandes dimensiones compuesto de tres cuerpos. Sobre la plataforma noreste se encuentra un basamento piramidal. En la parte noroeste se levantó un gran salón, en donde se localizaron restos de madera correspondientes a puntales que sostenían la techumbre. El salón es similar al Salón de Columnas del primer nivel con la distinción de que se sustituyeron las columnas de mampostería por los puntales de madera. También son once columnas y en el acceso están otras dos que sostenían un dintel; al frente del salón existía un pórtico.

La Muralla: Hay una gran Muralla de 605 metros de longitud, con una altura de 4.5 metros en promedio y 3.75 metros de ancho. Se le ha considerado como un elemento arquitectónico de carácter defensivo.